Jednako važan segment rada Odgojnog centra odnosi se na preventivne programe u školama.
Kroz edukacije o vršnjačkom nasilju, rizičnim ponašanjima, odgovornosti i nenasilnom rješavanju sukoba, djeci i mladima pružaju se znanja i vještine koje smanjuju rizik od delinkventnog ponašanja.
Preventivni programi posebno su važni u sredinama pogođenim siromaštvom i socijalnom isključenošću, gdje su djeca izložena većim razvojnim izazovima. Sustav na taj način djeluje prije eskalacije problema, jačajući zaštitne čimbenike i otpornost djece. Uloga dijagnostičkog dijela rada u Odgojnom centru provodi se s ciljem unapređenja sadržaj preventivnih programa, čime se stvara snažna veza između intervencije i prevencije.